Το clinical ή αλλιώς θεραπευτικό pilates έχει ως βασικό στόχο την βελτίωση της στάσης του σώματος, την μυϊκή ενδυνάμωση του κορμού, την αποκατάσταση από τραυματισμούς και την αντιμετώπιση χρόνων ανισορροπιών στο σώμα. Το ασκησιολόγιο που ακολουθείται σε μια συνεδρία θεραπευτικού pilates δεν διαφέρει από αυτό του reformer, προσαρμόζεται όμως βάσει των αναγκών του εκάστοτε πελάτη για την αντιμετώπιση μυοσκελετικών, αναπνευστικών, αυτοάνοσων και μεταβολικών παθήσεων. Η μέθοδος ενδείκνυται για άντρες και γυναίκες όλων των ηλικιών και επίπεδων φυσικής κατάστασης.